وثقت منظمات حقوقية يمنية وجود سجون سرية تحوي أعداداً غير محددة من المعتقلين. وفي تقرير لمنظمة «وثاق» لحقوق الإنسان ذكرت المنظمة قبل فترة، أن لدى جماعة الحوثي 86 سجنا منها 61 في محافظة صعدة وحدها، بالإضافة إلى السجن المركزي الكبير الذي يتبع الدولة، والذي استولت عليه الجماعة، ويقول التقرير الحقوقي، إن لدى الجماعة 11 سجناً في محافظة عمران، بالإضافة إلى السجن المركزي الذي سيطرت عليه مليشيات الحوثي كذلك، وفي محافظة حجة يملك الحوثيون 9 سجون مقابل سجنين للدولة. وفي صنعاء أنشأ الحوثيون 5 سجون وهو العدد نفسه الذي تملكه الدولة في العاصمة، وقد سيطر الحوثيون عليها، ولا يعلم بالضبط عدد السجون السرية للحوثيين في المحافظات الأخرى، خاصة محافظات الحديدة وإب والبيضاء، حيث يخوض الحوثيون مواجهات مع ناشطين مدنيين، ومع رجال قبائل مسلحين من جهة أخرى.
